Odbornými partnermi vzdelávacieho programu Modrá škola – voda pre budúcnosť sú dve vedecko-pedagogické univerzitné pracoviská:
Prírodovedecká fakulta Univerzity Komenského v Bratislave, ktorá je zameraná na environmentálny výskum a vzdelávanie.
Stavebná fakulta Slovenskej technickej univerzity v Bratislave, ktorá sa venuje príprave odborníkov v oblasti hospodárenia s vodou v krajine a vodohospodárskej výstavby.
